Ähnlich wie bei EMDR wird bei der Brainspotting-Methode ein emotional belastendes Erlebnis in Erinnerung gerufen. Die Augen des Klienten folgen dabei einer langsamen Handbewegung oder einem Zeigestab (Pointer) im Gesichtsfeld. Löst eine bestimmte Blickposition eine körperliche Reaktion aus, etwa verstärktes Blinzeln, ist ein sogenannter Brainspot identifiziert. Die mit dieser Augenposition verbundene Gehirnaktivität kann bewusste und unbewusste Erinnerungen gezielt aktivieren. Im weiteren Prozess richtet sich die Aufmerksamkeit auf innere Abläufe, die wert- und deutungsfrei wahrgenommen werden. Dadurch wird die natürliche Fähigkeit des Gehirns zur Selbstregulation (Homöostase) unterstützt. Brainspotting eignet sich ebenso zur Ressourcenaktivierung, etwa durch das Wahrnehmen und Verankern einer körperlich spürbaren Ressource.